在公立医院改革的新常态下，医院院长需要掌握现代化、科学化的管理理论，有前瞻性的学科建设视野，以及不断创新的医院管理实践等技能。
制定符合实际的医院战略管理应是医院院长岗位职能的首要工作。
在医院战略的制定过程中，医院院长在比较机会和威胁、优势和劣势的过程中，按照扬长避短、趋利避害的原则进行组合是十分重要的。院长应对战略管理的理论进行认真学习并加以科学使用。
当前医院外部境变化很快，一般医院战略规划定为5 年左右比较合适，而且应该在实施中根据内部资源和外部环境的变化进行适当的调整。明确医院战略，一定要让全院职工自上而下的参与讨论制定并参与实施，这样方能步调一致向前进，使战略规划能够落在实处。
学科是医院的基本组成单位，因而以前瞻性的视野打造学科是医院院长的重要职能。传统的学科建设目标是办专科特色，而现代医院的学科建设则是从追求专科特色转向培育集成优势，要以前瞻性的视野判断多学科交叉融合是学科发展突破的关键，以专病为纽带，对相关学科进行优化组合，产生强大的学科协同效应。
对院长来说，有了良好的战略，建立医院适应市场的灵活的运行机制同样是十分重要的。
对医院来讲，最重要的机制有3项：
一是通过干部竞争上岗，建立能上能下的用人机制；
二是通过职工以事定岗，以岗定编，全员聘任，建立职工能进能出的用工机制；
三是实行以岗定薪，岗变薪变，绩效考核，建立待遇能高能低的分配机制。
建立灵活的医院运行机制，激活人力资源，将为医院的发展提供巨大的活力。国内公立医院许多成功的案例，基本上都是在建立良好的、灵活的运行机制的基础上取得的，而运行机制中最重要的也就是用人、用工和分配3个方面。
一个人的能力、体力、知识等有所不同，管理的幅度也应当有所不同。
管理幅度因人而异，一般来说，
一名院长直管7名～15名副职或中层干部为宜。
管理幅度过大，疲于奔命，力不从心；管理幅度过小，可能人浮于事，效率低下。适当的管理幅度，与院长个人年龄、体力、能力、经历、知识密切相关。同时，从实践中看，对一家医院来说，管理层次少一些的扁平化管理架构是有效的管理模式。
懂经营、会经营、有序经营是在市场经济下对医院院长的必然要求。成功的经验是医院经营管理采取真正含义上的和科室及个人利益挂钩的全成本核算办法。
把各个科室的考核指标如工作量、工作质量、病人满意度以及医德医风等考核指标纳入核算或者直接采取平衡计分卡的4个维度财务指标、内部流程、客户满意度、学习和成长进行考核。
在经营管理的运行机制方面：
1、采用副院长分管负责制和院长审批签字把关的办法；
2、在具体运行流程中采用财务部门、审计部门签字审核制度；
3、在大型设备购买中采用国际、国内招标；
4、对小型设备和耗材采用议价谈判等方法；
5、对全院财务运行采用预算、决算的控制办法；
都是行之有效的。
懂得市场营销的科学性作为医疗市场经济中的个体，每一家医院都会受到社会必要劳动时间决定服务价格的价值规律的影响，受供求关系的选择和调整，受优胜劣汰的法则支配。因此，院长要研究医疗市场，把学科建设和医疗市场紧密地结合起来，科学地实施市场营销，进而稳固占领并不断拓展自己的服务市场。医院应根据自身的专科特点、服务优势对医疗市场进行细分，并提供相应的优质服务，进而拓展自己的医疗市场，这是在当前保持医院公益性的前提下，面对市场竞争日益激烈的环境的必然选择。
严格管理渗透于各个细节中是十分必要的。在医院基础质量、环节质量和终末质量3个环节中，
针对我国医院实际，基础质量管理的主要内容是医院的各项规章制度、岗位职责、操作规章、诊疗规范等，要求要完整，缺一不可；
环节质量管理是全面落实基础质量管理的各项规定；
而终末质量则是最终的管理结果——各项统计指标。
院长就是要督促各级管理者把管理的重点放在基础质量和环节质量方面，坚决且不折不扣地抓好各项质量管理的落实工作，通过终末质量的各项指标考核，奖罚兑现，使管理结果封闭，从而达到持续质量改进的目的。在利用我国医院院长多具备医学专业背景的优势进而抓好全面质量管理的同时，抓好人才的引进和培养，组织资源打造重点学科，着力转化医学等，也是我国医院院长必须作好的工作。
当前乃至今后，以习近平同志为总书记的党中央正在努力建设法制社会，而医院作为社会关注、人员集中的部门，各种矛盾十分集中。日益复杂的医患关系，医院内部的劳资纠纷，医院发展需要资金进入政策和如何使用等诸多的复杂问题，使得处于矛盾中心的医院院长必须守法、知法、遵纪守法，按法律办事，法律面前人人平等，以法治院。
院长必须全力维护相关法律法规的严肃性，只有这样，医院才可能朝着健康的道路不断前进。
院长在主持制定医院发展大政方针后，一定要想方设法督促下属执行，提高执行力。
执行力的关键在于透过医院各项规章制度、操作常规、医院文化等规范引导员工的行为。
美国通用公司前任总裁韦尔奇先生认为团队执行力就是“企业奖惩制度的严格实施”；而联想总裁柳传志认为，团队执行力就是“用合适的人，干合适的事”，因而研究型医院院长要把“用合适的人，干合适的事”、“严格实施奖惩制度”作为提高执行力的关键举措。同时在执行中严格量化考核，注重细节、抓好落实，才可能使医院按照科学规划不断照着正确的方向前进。
医院内部在学术观念上可以百花齐放、百家争鸣，而在文化建设方向应是唯一性、统一性，医院文化建设往往具有导向、凝聚、激励、约束等功能。良好的医院文化一旦形成，则会成为一种独特的竞争力量。我们必须明白，文化建设是一个长期的、艰巨的系统工程，有时由一代甚至几代人长期努力才能形成。文化建设只有在实践中继承，在继承中创新，在创新中发展。绝不能院长换任，文化随之改变，这样会导致医院混乱，文化建设一定要保持稳定性和统一性。作为院长，对本院文化价值的取向和建设承担着义不容辞的责任。
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