在医院各项管理工作中，科室管理是医院管理的核心和主体，它直接影响和体现了医院的实力和水平，其管理效能的优劣对医院工作的正常运行和医院发展起着不容忽视的作用，关系到医院的兴衰成败。
目前，在国内，很多医院管理还处于“硬专家”管理阶段，医院专家担任医院领导，他们对医院的学科建设被动管理的多，对科主任缺乏有效的指导和监督，没有明确的管理目标和合理的工人，严重依赖科主任责任本能的管理方式是低水平的……
随着社会的进步和要求，医院管理已从传统经验管理型逐步向现代管理型转变，医院企业化经营管理理念也日益成为医院管理发展趋势，现代医院管理理念在医院管理实践中起着极其重要的导向作用。 科室作为医院的有机组成部分，科主任的作用尤为重要。成为一名合格的管理者，除熟悉本专业外必须具备一定的社会历练和成熟的心智。在学术研究领域，贵在思维独立，坚持不懈、特立独行。然而在当今民主政治社会，一名合格的管理者除具备较高的专业水平之外，还要善于协调和处理各种部门和人际关系，要有成熟的现代管理理念和综合性科学管理意识。
医院职能科室的科长，首先要有一个准确的工作定位，要按照职责来履行自己的医院管理责任。
医院的职能部门与临床部门有很大的区别。医院职能部门的管理，不仅仅要管理好自己的科室和内部的科员，更多地要协调和服务于医院的整体工作！同时，对医院的临床部门工作进行指导和业务领导，这是他的一个特殊功能定位！也是一个特殊的科室管理特点！作为医院职能科室的科长，首先要明确自己的管理定位，要做好院长和分管院长的参谋助手，协助做好医院管理工作，并在自己的工作领域中发挥管理作用，这是位的管理职责与要求。
第二，医院的职能科室的科长要苦练医院管理基本功。
准确的说，医院职能部门的科长应当是职业的医院管理者！而对于医院的职业管理者来说，应当是全身心地投入到医院管理之中，而不应该再去兼所谓的临床业务工作，这是一个重要的前提条件和基础要求！当然，作为培养年轻干部交叉兼职那另当别论！对于职业的医院管理者来说，对管理基本功的要求，也应当是比较全面的。
一般来说，医院的职业管理者，应当培养自己的文字能力，这也是公文写作的基础。还有表达能力，这是我们医院管理沟通的前提。还有思考能力与理论研究的能力，以及自己业务的专业能力，包括超前的战略思考和制定本部门有创新的发展工作规划并加以落实的能力等等。这些都是职业管理者的必备基础要求和前提条件。
第三，医院职能科室的科长要注意发挥团队的作用，同时也要高度重视自己的协调职能和协调能力的培养。
医院职能科室的科长在医院管理中的交叉定位是比较独特的。一方面，他应当发挥好自己科室管理团队的集体作用。另外一个方面，他还要注意协调好左右上下交互的各个职能的叠加，注重发挥医院管理的整体效应！这也需要医院的领导对职能科室的科长要经常给予支持、帮助和协调，以充分发挥职能部门的整体管理效应。
在医院管理的实际工作中，我们经常会遇到有些临床科室的主任对医院职能科室科长的协调管理和服务不甚满意！甚至不愿意接受！这就需要医院领导要注意引导和培养他们在各自不同的管理定位中发挥作用！要引导临床科主任重视和支持，并且协助和配合职能部门的管理协调与落实。因为职能部门的管理也是一种服务！也是一种为临床工作的开展创造条件！只有这样，医院的整体效能才能真正发挥出来。
科室管理是医院发展的基础，在目前医院普遍实行院科两级管理的体制下，科主任是医院领导与医务人员沟通的桥梁，有承上启下枢纽的功能，更是医院决策的具体执行人，担负的使命非常重要。作为一名科室主任，应该保持良好的精神风貌，全心全意的投入到工作中去。
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