科室绩效政策的制定，通常由科主任与护士长协商制定，普通员工缺乏参与渠道，对绩效核算过程、考核方法及分配规则缺乏了解，绩效导向性较弱，影响员工的工作积极性，甚至会引起不必要的矛盾，影响科室的和谐及发展。
科室绩效在二次分配过程中，只关注工作量的多少，却忽略了服务态度、工作质量、技术难度及资源消耗情况，评价考核机制不尽合理，无法真正体现“多劳多得、优绩优酬”。
许多公立医院的绩效政策中，通常采用固定比例来分配医生与护理之间的绩效。这种简单粗暴的方式带来很大的不公平性。
首先，简单地将医护绩效混合核算，无法体现医护人员各自的工作特点，未充分考虑医生与护士在培养周期中耗费的成本；
其次，内科、外科、急诊科室医护人员付出的劳动强度截然不同；最后，各科室所需配置医护人员比例均不相同，医护之间采用一刀切的分配方式不合理。
在科室内部进行绩效分配时，多采用职称职务系数的分配方式。规定取得了相应的职称与职务后，可享受较高的绩效系数。
这样分配方式也会使许多高资历员工“躺赚”高绩效，严重影响了年轻员工的工作积极性，使绩效失去了应有的激励作用。
在公立医院中，由于职能后勤科室的工作量难以衡量，其绩效标准的制定一直是一个难题。
大多数医院采用平均主义，即人为将职能科室分为几类，不同的类别享受不同的绩效待遇，干多干少、干好干坏都一个样，严重影响了员工的积极性，同时缺乏考核机制，工作效果无法保证。
2016年在原收支结余绩效管理模式的基础上，医院完善了绩效政策的顶层设计，建立了以工作量为基础，基于RVRVS和DRGs的绩点制绩效改革，进一步细化了二次分配指导意见。
依托医院战略发展目标和精细化管理的需求，进行绩效政策革新。改变了过去收支结余绩效考核方式，建立了符合新医改发展方向的绩点制绩效考核方式。
它融合了目前世界上比较先进的RBRVS和DRGs两大绩效评价指标，充分发挥绩效的指挥棒作用。
针对过去绩效二次分配中存在的突出问题，医院制定了《绩点制绩效二次分配指导意见》。该指导意见详细规定了绩效中各模块的奖励办法和科室分配的原则，给予科室充分的分配自主权，同时限定科主任、护士长的绩效系数上限，保障绩效的公平性。
在绩效模型的设计中，首先将考核单元细化到医疗组，以便能更加清晰地反映各医疗组工作量的情况，保障了分配的准确性；
其次将医生与护理分别进行核算，依据谁操作谁受益的原则，将各项操作绩效在医生护士之间进行合理分配；
最后分别从医生总绩效和护理总绩效中各拿出30%作为科室公共绩效，作为科主任进行科室管理的抓手，依据员工所承担的管理职能以及科教研的成果等在科室中进行分配。
要求临床科室成立由科主任、护士长及职工代表组成的绩效管理小组，并以医院下发的二次分配指导意见为依据，共同制订适合本科室的二次分配方案，该方案必须由科室全体人员签字同意后方可生效。
通过全民参与表决，可以有效保证全体职工的知情权，绩效分配完成后，由科室全体员工进行签字确认，最大限度保障绩效分配的公平性。
根据科室制定的二次分配方案，每月对于科室计算结果进行复核，同时对科主任及护士长绩效与科室平均绩效比例系数进行审核，及时发现并纠正分配过程中的问题。
根据职能科室承担工作任务重要程度及工作量多少将其分为四档，再结合科室当月职能完成情况、工作效率、成本控制情况以及临床科室对其服务满意度等指标进行综合考核评价，根据最终得分对职能科室进行适度的奖惩。
在绩效核算过程中，科室绩效额由医生总绩效、护理总绩效和科室公共绩效三部分构成。
首先，根据医护人员在工作中承担任务不同，根据床日绩效、执行绩效、核心能力绩效、诊断能力绩效、临床路径绩效及医保绩效等模块，分别核算出医生绩效与护理绩效；
其次，分别从医生和护理绩效总额中各拿出30%，加上科室成本控制绩效、手术绩效和门诊挂号绩效，再减掉质量安全考核扣罚后的余额作为科室绩效的公共部分；
最后，将科室绩效总额以及各绩效模块明细数据下发给临床科室，由科室进行二次分配。临床科室收到绩效数据后，具体二次分配顺序如下。
第一步：将科室公共绩效中手术绩效、门诊绩效根据明细直接奖励给操作人；
对于在科室中承担住院总医师、医保管理员等工作的人员，担任重大技术开展、科研教学、论文发表等工作人员从科室公共绩效中给予定额绩效奖励；
质量安全考核不达标直接扣减相关责任人或责任医疗组/护理组当月绩效额。
第二步：依据科室二次分配方案的规定，将剩余的科室公共绩效额根据人员的职称、职务系数（如科主任系数为1.6、护士长为1.4、正高1.5、副高1.3）就高进行分配。
第三步：医生总绩效部分实行医疗组管理模式，在医疗组内部实行分级分档发放，参照三级医师（医疗组长、高级医师、中初级医师按1：0.8：0.6）的比例进行分配。
第四步：护理总绩效部分根据所有护理当月总绩效系数核算。护理当月总绩效系数=∑（护理岗位系数×工作天数）×能级系数×质量系数×学历系数×职责系数
第五步：将每个人各部分绩效额分别进行汇总。
第六步：科室绩效二次分配完毕后，要在科室内部召开医疗、护理系列科务会，分别公布分配结果，并由科室全体员工在分配表上签字确认，最后将签字表格交核算部门存档备查。
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